Entre o final de 1897 e o início de 1898, três parlamentares e um militar foram presos e desterrados para a ilha de Fernando de Noronha. As prisões, determinadas pelo presidente da República, ocorreram antes e durante o estado de sítio também por ele decretado.
Suspenso o estado de sítio, foi impetrado habeas corpus no STF para que os detidos fossem liberados. Alegava-se que o governo somente poderia conservar o cidadão preso, sem o devido processo legal, enquanto durasse o decreto. Isso porque a medida suspenderia as garantias fundamentais, no caso, a liberdade individual. Findo o estado de sítio, seus efeitos acabariam, e a prisão seria ilegal.
Até então, o STF havia negado habeas corpus em situações semelhantes. Entendia que os atos do Executivo praticados sob estado de sítio excediam a validade do decreto presidencial, e apenas poderiam ser aprovados ou rejeitados pelo Congresso. Não cabia ao Judiciário decidir.